僕は3Dモデルのウェイトを塗る際、補助ボーンを使って自動ウェイト塗りで処理することが多いです。
補助ボーンはUnityへモデルを持っていく際、最終的には不要なボーンになります。
不要とはいえそのままにしておいても動作には問題ないです。
ただし、大量に不要なボーンが入っているモデルはファイルのサイズが大きくなります。
僕は念のためウェイト用のボーンは削除して親ボーンに統合するようにしているので、今回は不要なボーンを統合する方法をまとめてみました。

いらないボーンがたくさん…

すっきり
もくじ
ボーンを削除する
いらない子ボーンをどうやって統合するかというと、まずボーンそのものは編集モードから削除すればOKです。
削除すると、対応するボーンを失った頂点たちが動かなくなってしまいます。

ボーンを削除してもウェイトの情報は残っています。
どこにあるかというと、メッシュを選択した状態でプロパティウインドウのデータタブの中に「頂点グループ」として残っています。

この頂点グループを親のものに統合すればウェイトが反映されてきちんと動くようになります。
ウェイトを統合する
統合には「頂点ウェイト合成」のモディファイアを使います。

「頂点グループA」には親ボーンを、「頂点グループB」には子ボーンを指定します。
「頂点セット」を「全て」、「ミックスモード」は「追加」にし「ウェイトを正規化」にチェックを入れます。
このモディファイアを適用すればウェイトが統合されます!

ウェイトが親ボーンに反映されてきちんと動かせるようになりました。

なおモディファイアの適用後も頂点グループのデータ自体は残っているので、選択して削除します。

まとめ
不要なボーンを削除する作業自体は必須なことではないですが、モーション用のモデルなどは不要なボーンが作業の邪魔になるので削除する方法を覚えておくと便利です。
Unityに持っていく際も不要なボーンと頂点グループを減らすとファイルサイズが小さくなるので、気になる場合はやってみると良いかと思います。
(作業自体はかなり手間がかかるので、無理にやる必要はない気もしますが…)