Substance DesignerではSVGファイルや画像ファイルを読み込んで使用できますが、ファイルの取り扱いにいくつかの方法があり、それぞれにメリットとデメリットがあります。
うっかりリソースが行方不明になって困らないようにするための覚え書きを残しておきます。
もくじ
リソースの利用方法
外部ファイルを読み込む際、「リソースをリンク」と「リソースの読み込み」が選べます。

「リソースをリンク」にした場合
PC上の指定したパスに存在するファイルを参照するようになります。
ファイルの上書きがすぐに反映されるので手直ししたい場合は便利ですが、ファイルを移動・削除してから再起動するとリンク切れになるので注意が必要です。
「リソースの読み込み」にした場合
画像ファイルについては、.sbsファイルと同じ階層に自動的に作られる○○.resourcesフォルダにコピーが格納されます。

SVGファイルについてはコピーの保存はされず、.sbsファイルの中にデータが格納されるようです。
読み込まれたファイルの取扱い方法
一度グラフ上に置いた画像ファイル・SVGファイル(「新規リソース」で作った分を含む)は、グラフからノードを消してもファイルの中に残っています。
データの再利用やリンク切れの確認はエクスプローラーウインドウからできます。(リンク切れはプロパティウインドウからファイルパスを手打ちすることで直ります)

まとめ
選んだ読み込み方法ごとに特徴があるので、管理しやすい方法を最初に決めておくのがオススメです。
僕の場合はテクスチャごとに別のフォルダを作ってその中に.sbsファイルを保存し、画像・SVG等は基本的にリソースの読み込みで使用するようにしています。(後々重要な箇所でリンク切れになると訳が分からないので…。)